国家金融机具工程技术研究中心实行管理委员会领导下的主任负责制。下设技术管理部、基础技术开发部、检测中心、行政部、开放服务部、纸币清分开发部、现金支付开发部、电子交易开发部、新产品开发部、中试基地以及国际货币反假及现钞运营培训体验基地。